南美白对虾是塘底栖息动物，塘底环境是南美白对虾整个生长环境的基础，塘底的好坏对水质构成直接的影响。而水质的好坏是底质的表现形式，病原通过塘底有机污染物生长繁殖，再通过水体扩散传播。通常人们是通过水质的变化再知道底质的变化。因此，改善底质是改善水质的基础，养水先护底。　
　　在池塘底部及中下层水体，属于塘底有毒物质向上浮升，水体中有毒物质向下沉积，从而在水底的交汇处形成一个特殊层面。由于高密度养殖，投饵多、排泄量大、藻类死亡、滥用絮凝性底改剂等原因，导致该特殊层面发热、发臭、泛酸、腐败菌（弧菌或嗜水气单孢菌）大量繁殖，生物耗氧量、化学耗氧量特别严重，亚硝酸、氨氮等有毒物质严重超标，成为原生动物、细菌、病毒的滋生地，该层面因此成为名符其实的“聚毒层”，而这个层面又恰恰是南美白对虾的核心生活区。
　　　　如果南美白对虾长期在池底污染严重的环境下生存，会影响其体色及肉质，使其体色不鲜艳，口味差；同时南美白对虾喜清新的环境，底质污染严重会产生有害物质、不利南美白对虾生长，而且池底污染严重易滋生细菌，细菌大量繁殖则极易引起对虾疾病的发生；“聚毒层”如不及时消除，黑鳃、黄鳃、甲壳溃疡、白浊偷死等各样南美白对虾主要病害则随之而生。据报道，池中溶解氧有54%以上是被底部有机物消耗掉，所以及时分解池底有机物才能减少池底耗氧量，增加水体含氧量，同时预防疾病的发生。　　
　　“养虾先养水，培藻是关键，护底是基础”，生态养虾应在养护、改善养殖池塘的底质上下功夫。　　
　　中后期底质变坏的原因　
　　（一） 在目前高密度、高投饵量、低透明度养虾模式下，大量的饲料残饵、排泄物、浮游生物尸体等有机物不断沉入池底，是造成水质和底质变坏最重要的原因；大量的有机质存在，为池底厌氧性微生物大量繁殖提供了充足培养基。　
　　（二） 大量而频繁地排放水，使池塘泥土中矿物质和微量元素流失，造成塘底“沙漠”化，塘底渗漏，保水、保肥的功能减退。　
　　（三） 频繁使用化学药物消毒，对有益微生物构成极大的危害，使病原微生物产生抗性，致使虾塘逐步失去生态平衡，塘底的自净功能丧失殆尽，底质日益恶化。
　　（四） 养殖水深与增氧能力脱节，造成底层溶氧不足，底泥发臭。如水深在1.5米以上的池塘仅有水车式增氧机，因此池塘底层溶氧会经常不足，使有机物在厌氧状态下分解，增加了氨氮、亚硝酸盐的释放量。
　　（五） 增氧机安装位置不当，未能与池壁形成角度，导致大量脏东西在被带到池边角落形成死角，时间久了容易发臭。　
　　（六） 砂底池塘，由于砂质颗粒较大，吸附氨氮等有害物质的能力较差，容易发臭。　
　　（七） 水较瘦或藻类老化的池塘，藻类光合作用差，溶氧低，导致有害物质降解速度缓慢，底泥容易发臭。　　
　　（八） 经常使用絮凝剂和吸附剂，造成底质中大量的有害物质沉积，底泥变酸、发酵变臭。　
　　（九） 藻类含量高、透明度低、水色浓的池塘，会减弱中下层水体的光合作用，中下层水体产氧能力下降，同时藻类的新陈代谢导致死藻量较大，也会造成底质恶化加快。　
　　不良底质的判断方法　
　　（一） 池边的角落有大量黄褐色泡沫，有臭味，不易散开；黄褐色泡沫是水质变坏的表现，有异味验证了坏底。　　
　　（二） 料台脏，底部附着胶着物或黑泥。　
　　（三） 池底在光照强时升起大量气泡或气雾。　
　　（四） 池底出现花白斑块。　
　　（五） 水质变浓稠，风吹过水面出现细密的水纹。　
　　（六） 在饲料台吃料的对虾突然增多了数十倍。　
　　（七） 亚硝酸盐含量增高。　
　　（八） pH值在早晨和下午检测时没有变化。